El análisis de las Bases constitucionales es sumamente importante porque al compararlas con las constituciones del Estado del Salvador de 1824 y la Federal, ofrece muchas evidencias sobre el pensamiento en esta materia en la época y permite señalar las contradicciones que ayudan a explicar, en gran medida, el estallido de la guerra civil.

Las Bases de la Constitución sentaban los fundamentos de una constitución republicana, representativa y federal. Teóricamente, establecían el principio de división de poderes entre un Poder Legislativo, ejercido por el Congreso Federal; el Poder Ejecutivo, ejercido por un Presidente; y el Poder Judicial, ejercido por una Suprema Corte de Justicia. Además, creaban un cuarto poder, llamado Senado, ejercido por Senadores, que no era parte de los otros tres poderes si no que que se superponía a ellos, ejerciendo parte de sus funciones. La existencia de este cuarto poder es lo que produjo mayor controversia. Más importante aún, cuando se analizan las funciones de los poderes, es observar que el Ejecutivo y el Legislativo son extremadamente débiles. El Ejecutivo no participaba en la elaboración de la ley porque el veto y la sanción eran atribuciones del Senado. Este, además, proponía las ternas para puestos en el Ejecutivo. La Corte Suprema no participaba en la elaboración de la ley y fungía como Cámara de Segunda Instancia en conflictos entre los Estados, mientras que el Senado se desempeñaba como Corte Suprema. El Congreso y el Senado tenían poderes casi absolutos. Analizando las Bases se puede comprobar que el problema fundamental y persistente radicaba en la organización de los poderes del Estado.

En cuanto a la Constitución de los Estados, las Bases habían establecido la misma estructura con los mismos defectos, con el agravante de entrometerse en su organización interna, dando como resultado cinco constituciones estatales similares que reflejara un extremo centralismo en la visión de la Asamblea Nacional Constituyente. Las Bases no establecían que los Estados eran soberanos y no los trataba como a tales. Así, les dictó una organización de poderes similar a la estructura de la Constitución Federal. El Poder Legislativo ejercido por un Congreso de representantes; el Poder Ejecutivo ejercido por un Jefe de Estado; y el Poder judicial, por una Corte Superior de Justicia. Sorprendentemente, las Bases también dictaban la organización de un cuarto poder, llamado Consejo Representativo, que no era parte de los otros tres poderes clásicos sino que se superponía y ejercía algunas importantes funciones de ellos. Es difícil entender la lógica de la existencia de un cuarto poder de carácter estatal. Cuando se analiza qué funciones ejercía cada poder, se observan las mismas características de la estructura federal: poder casi absoluto de la Asamblea Legislativa estatal y el Consejo Representativo, y debilidad extrema del Poder Ejecutivo y del Judicial.

Las Bases supuestamente eran delineamientos generales para la discusión constitucional particularizada en los Estados, pero en éstos no hubo mayor discusión y se tomaron como las bases mismas de las constituciones definitivas. En San Salvador, los líderes aprovecharon las Bases para convocar a una Asamblea Constituyente estatal sin que la Asamblea Nacional Constituyente necesariamente lo hubiera decidido y hecho. La Asamblea Constituyente del Estado inicio sus sesiones bajo la presidencia de José María Calderón, el 14 de marzo de 1824. Asistieron a su instalación diversas personalidades: Mariano Prado, en su calidad jefe Político, Juan Manuel Rodríguez, Pedro Molina, José Matías Delgado y Ruperto Trigueros como comandante militar. La Asamblea Nacional Constituyente reaccionó para tomar la decisión de convocar a congreso constituyentes en los Estados y a elección de Jefes de Estado el 5 de mayo de 1824, mes y medio después que el Congreso Constituyente de San Salvador estuviera instalado.

La Asamblea de San Salvador comenzó a organizar el gobierno y a legislar. Designó corno Jefe de Estado provisional a Juan Manuel Rodríguez. el 21 de abril de 1824, inició su trabajo el día siguiente. Es necesario decir que a Rodríguez se le conoce corno primer Jefe de Estado pero no es todavía en el marco de la Constitución Federal, que aún no había sido aprobada ni en el marco de la Constitución del Estado, que estaba por discutirse. Su posición fue idéntica a la ocupada por el Triunvirato Ejecutivo nombrado por la Asamblea Nacional Constituyente en 1873. Desde el punto de vista de Constitución Estatal y Federal, Juan Vicente Villacorta fue el primer Jefe de Estado, electo el 13 de diciembre de 1824 y Mariano Prado como Vice-Jefe de Estado.

Este decreto dio inicio al famoso cisma eclesiástico que tanto incidió en el desarrollo de acontecimientos políticos futuros y puso en problemas a Delgado, quien comenzaría a perder su grande y evidente influencia y reputación. Jesús Delgado ofrece un buen análisis del cisma. En síntesis, el problema eclesiástico comenzó cuando Ramón Casaus, Arzobispo de Guatemala, publicó un edicto el 21 de junio de 1824, en que se declaraba nula y sin valor la creación de la nueva Diócesis de San Salvador, y el nombramiento de Delgado como Obispo, y comenzó la publicación de panfletos desautorizándolo, creándose un problema de lealtad dividida a favor de Casaus o de Delgado. Al inaugurarse el Congreso Federal, este cuerpo ratificó, el 18 de 1825, la erección de la mitra de San Salvador y la designación de Delgado como Obispo. Lamentablemente, el Senado desaprobó el decreto del Congreso Federal el 5 de agosto de 1825. Con esta desaprobación comenzaba a fracasar el intento de El Salvador de independizarse en materia religiosa de Guatemala. En la disputa intervinieren José Simeón Cañas e Isidro Menéndez, las mejores plumas salvadoreñas en Derecho Canónico, apoyando la creación de la mitra. En este contexto se inició la prensa escrita en San Salvador, con la publicación del célebre El semanario político mercantil, el 31 de julio de 1824. El primer editor de este semario fue el presbítero José María Castro. Las páginas de El Semanario fueron usadas para la discusión política y en particular para dirimir el asunto de la mitra salvadoreña.

En definitiva, la cuestión quedó saldada negativamente para San Salvador con el pronunciamiento en contra del Papa León XII, de 1 de diciembre de 1826. Su Santidad dirigió una carta muy severa y amenazante acusando a Delgado de “sacrílego arrojo", que había entrado como "ladrón y salteador en el redil de las ovejas”. El Papa le dio un plazo de cincuenta días, después de recibida la carta, para que renunciara al Obispado, y de no cumplir sería excomulgado. Delgado conocía la gravedad de la amenaza y renunció a su cargo de Obispo asumiendo de nuevo como Vicario General. Delgado desafió al imperio mexicano, pero sabía que no podía enfrentarse al Papa. La fecha de la carta del Papa es importante fijarla, porque San Salvador, en esos días, ya había declarado la guerra gobierno federal de Manuel José Arce. En esta decisión bélica intervino Delgado y, sin duda, la erección de la mitra fue parte fundamental que él tuvo en mente. Para ello, ayudaba que el gobierno continuara siendo federal. La Asamblea del Estado de El Salvador no solamente legisló en materia religiosa, ya que su trabajo fundamental fue dotar al Estado de una Constitución.