El Congreso, que fuera convocado por Vicente Filísola, se inauguró en Guatemala el 24 de junio de 1823, iniciando, así, una actividad muy importante: redactó un documento sobre la anexión a México; declaró la independencia absoluta el 1 de julio de 1823; se constituyó en Asamblea Nacional Constituyente de las Provincias Unidas del Centro de América; organizó la junta directiva y las diferentes comisiones; formó un triunvirato para dirigir el Poder Ejecutivo; legisló sobre diferentes materias; dictó las Bases de la Constitución 17 de diciembre de 1823; y, finalmente, aprobó la Constitución Popular Representativa y Federal del 22 de noviembre de 1824. El contenido de este acápite ayudará a la inteligibilidad del marco general en que se redactó la Constitución del Estado de El Salvador y los problemas para consolidarla como pieza fundamental de la sida política.

En la organización de la Asamblea Nacional Constituyente y en los cuerpos gubernamentales establecidos por ella, hubo papel destacado tanto de los salvadoreños como de los opositores guatemaltecos a la anexión a México. Estos aprovecharon el descrédito temporal de los anexionistas. José Matías Delgado fue su primer presidente. Manuel José Arce (quien estaba ausente porque negociaba en Estados Unidos la anexión a este país) fue electo, por unanimidad, miembro del triunvirato ejecutivo, cargo que ocupó a su regreso. Juan Vicente Villacorta, de Zacatecoluca, también fue electo triunviro. Pedro Molina completaba el trío. En la importante comisión de Constitución, presidida por el influyente guatemalteco José Francisco Barrundia, participó por El Salvador, Isidro Menéndez y Ciriaco Villacorta. También José Matías Delgado estuvo temporalmente en la misma comisión. En la Asamblea hay que destacar la presencia de diputados salvadoreños de mucha influencia: Antonio José Cañas, José Simeón Cañas, Doroteo Vasconcelos, etc. La buena calidad de los diputados aseguró a El Salvador una representación competente para defender sus posiciones políticas e intereses.

La influencia de los diputados de El Salvador en la Asamblea Nacional Constituyente puede apreciarse en los conceptos y lenguaje del dictamen sobre la independencia absoluta, redactado por José Matías Delgado, Francisco Flores, José Simeón Cañas y Pedro Molina, Las ideas que se expresan reflejan la posición personal sentimientos de Delgado y de Molina. El documento es una introducción al examen de la ideología política dominante al inicio de la Asamblea y es también el fundamento de la declaración de independencia absoluta. La comisión escribió el texto explicar, según sus palabras, la aberración de la anexión y las razones que existían para erigir una nación independiente. Se establece que durante el dominio español, Guatemala no perteneció a México; que declaró su independencia sin ninguna protección de México, pero no deja de reconocer la influencia de la independen mexicana en el cambio de opinión en Guatemala; considera que e Acta del 15 de septiembre de 1821 declaró la independencia absoluta de España reconociendo que en ese momento existía una opinión favorable a la anexión de “aquellos que habituados al yugo de la servidumbre juzgaban que por nosotros mismos no podíamos formar una nación y sostener nuestra independencia”. Por esta razón, se había dejado el punto de unión a México a decidirse por el Congreso. De esa manera, se reconoce que había una opinión favorable a la anexión. Sumada a esto, hubo cosas que precipitaron la unión, como las amenazas de invasión mexicana al territorio y la unión a México proyectada por los gobiernos de algunas provincias (León, Comayagua, Quezaltenango, Cartago). En estas circunstancias, los autores del dictamen sostienen existen varias causas para declarar la nulidad de la unión: Primera, el terror.

Ningún acto que se complete por la fuerza es libre. Segunda, el engaño. Los partidarios de la unión les ofrecieron montes de oro y otras facilidades que sólo en su imaginación podían existir. Tercera, la convocatoria a referendum a los Ayuntamientos, a pronunciarse sobre anexión. (Según esta interpretación los ayuntamientos no estaban autorizados para pronunciarse). Cuarta, e1 modo de ejecutar el referendum, ya que no se esperó contestación de todos. Concluye de esta forma contundente:

Para fundamentar la independencia se sigue analizando la experiencia de unión a España y México. “Una nación poderosa cuando adquiere dominio sobre otra... los hace débiles e incapaces de sustraerse dominación. Una larga y dolorosa experiencia nos hizo conocer esta verdad bajo el yugo español, y una nueva experiencia menos larga pero dolorosa, nos la ha dado a conocer bajo el dominio de México” Con México no se logró ningún bien pero sí los siguientes males: Primero, “la desunión de nuestras provincias entre si, y de sus partidos. San Salvador no quiso obedecer a la unión con México, porque su gobierno era ilustrado y patriótico: el pueblo, valiente y liberal”. Segundo, la guerra civil, y tercero, la esclavitud.

La Comisión terminaba su dictamen pidiendo la siguiente declaración:

Es importante observar que, en este documento, Delgado dejaba ya establecida la independencia y la idea de que las provincias serían Estados que se unirían a otros por pacto federal. Este dictamen es un anuncio de la declaración de independencia absoluta. antes de analizar la declaración de independencia, cabe hacer unos comentarios sobre el dictamen examinado. El texto fue escrito cuando la anexión a México había fracasado y refleja la posición de sus opositores, tanto guatemaltecos como salvadoreños que pensaban en una forma de gobierno republicana. Sin embargo, fue evidente que, en su momento, la anexión fue bastante popular. Solamente San Salvador y San Vicente se opusieron decididamente a la medida. Si bien la presión mexicana fue un factor importante, los acontecimientos evidenciaron que el número de adeptos a la forma de gobierno monárquica constitucional, propuesta por Iturbide era muy grande, como demuestra el referéndum que aprobó la anexión a México. La idea de pertenecer a un imperio poderoso era atractiva ya que ofrecía un gobierno mixto moderado que permitiría el desarrollo de la modernidad y de las ideas liberales, si juzgamos por el contenido de los debates que provocó la anexión a México. Si la monarquía constitucional se hubiera consolidado en México como forma de gobierno, seguramente Centroamérica sería territorio de México. Sin embargo, las condiciones para esa forma de gobierno no existían, por lo cual la independencia fue un acto necesario.